Jeziora podobnie jak rzeki, w Afryce rozmieszczone dosyć nierównomiernie, przy czym większość z nich znajduje się we wschodniej części kontynentu. Ze względu na genezę mis jeziornych można je podzielić na:
- tektoniczne, w dolinach ryftowych, np. Tanganika, Malawi (Niasa),
- tektoniczne, w nieckach synklinalnych (wklęsłe struktury geologiczne), np. Jezioro Wiktorii, Czad, Bangueulu,
- zastoiskowe, powstałe na skutek zagrodzenia doliny przez strumień lawy, np. Tana,
- szotty, np. Wielki Szott, Szatt Malghir.
Najgłębszym jeziorem Afryki jest Tanganika w pd. części osiąga głębokość 1435 m,. Podobnie jak jeziora Malawi Turkana, Mobutu Sese Seko,Kiwu, Rukua i inne zajmuje dolinę ryftową. Jeziora te mają wydłużone kształty i znaczną głębokość - często ich dno znajduje się wiele metrów p.p.m. (kryptodepresja). Największą pow. - 68,8 tys. km2, ma Jezioro Wiktorii; jego głębokość sięga jednak tylko 80-92 m, gdyż wypełnia ono nieckę synklinalną, a nie dolinę ryftową. Do jeziora Wiktorii uchodzi m.in. rzeka Kagera (uważana odcinek źródłowy Nilu), wypływa zaś zeń Nil Wiktorii. W Afryce Północnej występują słone, bezodpływowe jeziora.
Naturalnymi magazynami wody są topniejące lodowce, które występują tu w podrównikowej strefie klimatycznej. Dzieje się tak dlatego, że są spełnione są wszystkie warunki konieczne od ich powstania - klimatyczne: występowanie granicy wiecznego śniegu i silnych opadów-oraz geomorfologiczne: istnienie zagłębień w stokach, gdzie mogą tworzyć się pola firnowe. Lodowce Afryki zajmują w sumie zaledwie 12 km2 pow.
