Pustynie zajmują aż 40% powierzchni Afryki i najczęściej ten kontynent kojarzy się właśnie z nimi. Występowanie tak rozległych obszarów pustynnych uwarunkowane jest przede wszystkim warunkami klimatycznymi. Zajmują one tereny rozciągające się między 15° a 30° szer. geogr. pn. oraz 6° a 33° szer. geogr. pd. Przez cały rok panuje tu wysokie ciśnienie (wyże zwrotnikowe z zstępującymi prądami powietrza uniemożliwiającymi tworzenie się chmur i powstawanie opadów) i wieją pasaty lądowe. Średnie roczne sumy opadów są bardzo małe - nie przekraczają 200 mm, co spowodowane jest niską zawartością pary wodnej w powietrzu.
Afrykańska pustynia - Erg
Wysokie usłonecznienie i brak zachmurzenia pozwalają na wzrost temp. powietrza w ciągu dnia nawet do 50°C, co z kolei powoduje intensywne parowanie wody z występujących i tak bardzo rzadko opadów. Jest to przyczyną prawie zupełnego braku powierzchniowej sieci wodnej, a co za tym idzie - ubóstwa świata roślinnego i zwierzęcego. Charakterystyczne dla terenów pustynnych są sebkhi, czyli słone bagna przekształcające się okresowo w silnie zasolone jeziora - szotty. Pustynie zwane serirami to tereny pokryte żwirami i otoczakami, tworzące się obrzeżach rozległych niecek występującym powszechnie w rzeźbie Sahary.
Zgromadzony tam materiał gruzowy pozostacje w większości naniesiony przez rzeki, które w minionych epokach geologicznych przepływały przez Saharę. Przez Saharę przepływa tylko jedna stała rzeka Nil; ma ona charakter allochtoniczny, tzn. prowadzi wody z innej strefy klimatycznej. Pozostałościami rzek plejstoceńskich są suche i kręte doliny, zwane uedami, które wypełniają się wodą po ulewnych deszczach. Ośrodkami życia na Saharze są oazy powstałe wokół studni artezyjskich (np. Fezzan, Fajum, Kufra, Siwa, Farafra, Baharija, Dachla). W Afryce Południowej położona jest pustynia Kalahari o podobnej genezie jak Sahara.
Pokrywają ją piaski o miąższości , o zabarwieniu czerwonym (wskutek dużej zawartości tlenków żelaza) lub szarym (duża zawartość kwarcu). W części pd.-zach. tworzą się wydmy barchanowe. Pustynią o zupełnie odmiennym pochodzeniu jest Namib, który ciągnie się pasem o szer. 150 km i dł. 1360 km wzdłuż pd.-zach. wybrzeża Afryki. Zimny Prąd Benguelski płynący wzdłuż tego odcinka wybrzeża powoduje powstawanie opadów nad oceanem oraz ich brak nad lądem. Północna część pustyni Namib, podobnie jak saharyjskie seriry, pokryta jest materiałem żwirowo-gruzowym. Na pd. przeważa podłoże piaszczyste, z wydmami osiągającymi do 200 m wys. i ciągnącymi się nawet do 50 km. Na płaskowyżach Damara, Nama i Kaoko utworzyły się hamady. Półpustynie zajmują w Afryce ok. 6 min km2, co stanowi 20% pow. kontynentu. Są to tereny półsuche, położone najczęściej na obrzeżach pustyń. Roczne sumy opadów sięgają tam do 750 mm, gleby zaś są lepiej rozwinięte niż na pustyniach, często bywają nawet wystarczająco żyzne do prowadzenia działalności rolniczej. Półpustynie występują na pn.-zach. krańcu kontynentu oraz w Sudanie