Wody podziemne stanowią jeden z bardzo istotnych elementów obiegu wody w przyrodzie. Woda dostająca sic do powierzchni ziemi w postaci opadu atmosferycznego częściowo wyparowuje, w części spływa do potoków, rzek i mórz, tak że wsiąka (infiltruje) w podłoże. Szacuje się że swoją objętością kilkakrotnie przekraczają one wszystkie wody wszechoceanu. Wody podziemne, które występują płycej pod powierzchnią Ziemi aktywnie uczestniczą w obiegu wody w przyrodzie. Okres ich wymiany jest bardzo zróżnicowany. Na przykład wymiana wilgoci w glebie oraz płytkich poziomach wodonośnych ma miejsce każdego roku, podczas gdy w głębszych poziomach wodonośnych może trwać setki, a nawet tysiące lat.
Nie opracowano jeszcze dokładnych metod pomiaru ilości wsiąkającej wody i dlatego nie jest ona uwzględniona w bilansie wodnym. Wiadomo jednak, że stosunek ilościowy pomiędzy parowaniem, wsiąkaniem i spływaniem jest bardzo różny i zależy od klimatu, rzeźby terenu, przepuszczalności skał i szaty roślinnej. Na terenach o dużych spadkach woda będzie w większości spływała po powierzchni, jak to jest w górach. Na skałach przepuszczalnych będzie przeważało wsiąkanie, na nieprzepuszczalnych parowanie. Szata roślinna, zwłaszcza las, podtrzymuje długo wilgoć na powierzchni, przez co wsiąkanie odbywa się wolniej.
